《穿書后綁定了綠茶系統》的故事發生在一個虛構的現代都市，女主角林夕原本是個普通的大學生，性格內向，平日里喜愛閱讀各種小說，尤其是那些帶有浪漫色彩的言情作品。某日，她在圖書館里發現一本名為《命運交織》的小說，翻閱之間，竟一頭扎進了書中的世界。
當林夕醒來時，發現自己已經變成了書中的女二號，一個名叫蘇婉兒的角色。這個角色雖美麗動人，但性格卻頗為陰險，時常利用別人來達到自己的目的。更讓林夕沮喪的是，她在穿書的同時，還綁定了一個“綠茶系統”，這個系統不僅會影響她在書中的表現，還時不時會給她 “任務”，逼迫她表現得更像個綠茶婊。
林夕心中感到無奈，卻不得不接受這個現實。系統每天都會提醒她：“完成今日的任務，獲取積分，可在商城中兌換獎勵。”而每日的任務多是一些讓人摸不著頭腦的表現，比如在某個場合中故作無辜地與男主角互動，或者故意讓其他女角色產生誤解。
于是，林夕帶著這套系統開始在書中生活。她發現，自己不得不逐漸適應這個角色的性格，多次利用周圍人的感情來獲取利益。剛開始時，林夕心中自然抗拒，她希望自己能忠于內心，保持真實的自己。然而，每當她嘗試反抗時，系統都會強制要求她完成任務。久而久之，她發現自己似乎真的變得越來越會“演戲”，為自己的利益而虛情假意。
她的目標對象自然是小說中的男主角陸俊翰，小說里所有女角色的焦點。陸俊翰是一個典型的高冷男神，不僅年少有為，還擁有強大的家世背景。在林夕扮演的蘇婉兒眼里，陸俊翰無疑是一個可供利用的重要棋子。在與陸俊翰的相處中，林夕開始敏銳地捕捉他的情感脈動，漸漸地，她發現男主其實并沒有她想象中的那么冷漠。
這一天，兩人恰好在校園的咖啡館相遇，林夕努力讓自己顯得毫不在意，裝作無意間瞥見。就在這一瞬間，系統提示：“任務完成，獲得積分。”林夕心中一動，似乎逐漸明白了系統的規則，不再是單純地扮演原角色，而是要學會利用自己的優勢，為自己爭取更多的利益。
隨著時間的推移，林夕對陸俊翰的了解加深，原本是出于任務的行動漸漸交織成真實的情感。陸俊翰在她的眼中不再是一個高不可攀的男神，而是一個有著溫柔一面的一個人。可現實卻是，蘇婉兒這個角色在小說中最終的命運并不美好。
就在林夕努力掙脫角色束縛、向陸俊翰表白自己真實心意的同時，小說情節卻逐漸向著悲劇逼近。男主與女主的感情線在蘇婉兒的干預下，變得越發復雜。林夕的心中苦澀難當，她愈發感受到綠茶系統的捆綁感，同時也開始反思自己的選擇：在這個權謀與愛情交織的世界里，自己究竟要選擇怎樣的方式才能掙脫羈絆，保住自己的真實感。
終于在一個夜深人靜的時刻，林夕鼓起勇氣面對系統。她關閉了系統的提示功能，決定不再依賴這個所謂的“綠茶系統”，而是用自己的感情與真實自我來引導劇情發展。在那一刻，林夕感到一陣前所未有的輕松。
隨后的日子里，林夕開始以真實的自己去面對周圍的人，包括陸俊翰。這樣的變化讓她感到自信與光彩，而陸俊翰也開始察覺到蘇婉兒的不一樣。他們的關系日漸升溫，直到最終，陸俊翰在一次校園活動中主動邀請林夕共舞。此時的她已不再是那個依賴于系統、任由命運擺布的蘇婉兒，而是重新掌握自己人生的林夕。
隨著劇情的變化，那些曾經的任務開始消失，林夕最終與陸俊翰走到了一起。在結束了這個虛構小說的故事后，她心中滿是感慨，曾經的猶豫、掙扎與迷失，都隨著她的成長而煙消云散。此時的她已經不再是一個普通的角色，而是擁有自己目標與信念的女性。
“穿書而來，最終我學會了做自己的樣子”，這是林夕在書中所獲得的最大財富。在經歷了虛構與現實的交錯后，她終于明白，生命的意義在于真實自我，就算綠茶系統也無法再控制她的命運。