在動物城市的寧靜日常中，朱迪·霍普斯和尼克·王爾德正忙于各自的工作。朱迪作為動物城市的警察，努力維護著城市的安寧，尤其是在處理那些失蹤動物案件時。尼克則在自己的創業公司中，幫助動物們解決各類問題，生意蒸蒸日上。
一天，朱迪在審閱案件文件時，發現了一則與古老傳說相關的神秘失蹤案件。根據傳說，一種名為“暗影之獸”的未知動物在城市的邊緣游蕩，傳說它能夠無聲無息地讓任何動物失蹤。這個案件引起了朱迪的極大興趣，她決定要找出真相。
朱迪找到尼克，希望他能協助自己。尼克起初有些猶豫，畢竟，他們總是會遇到一些麻煩。但朱迪的熱情和執著最終打動了他。于是，他們決定組成一家“探險公司”，專門去調查這起失蹤案件。
兩人開始了他們的探險之旅，首先，他們前往動物城市的古老圖書館，查閱有關“暗影之獸”的資料。在書籍的翻頁間，他們發現這個傳說源自城市建立之初，似乎是由于一些動物與自然之間的不和諧所引起的。傳說中提到，只有找到“和諧石”，用它恢復平衡，才能阻止“暗影之獸”的侵害。
在圖書館的角落，他們遇到了一位年邁的貓頭鷹，它是這座城市的守護者。貓頭鷹提醒他們，尋找和諧石并不容易，過程中將會遇到種種挑戰，但如果他們能夠團結不同的動物，就能解決一切困難。朱迪和尼克聽后深感責任重大，決心無論如何都要找到和諧石。
他們的第一站是動物城市的山脈，那里有著各種各樣的動物群落。朱迪和尼克開始尋訪不同的動物，希望能找到和諧石的線索。一路上，他們遇到了許多有趣的動物，包括熱情的山羊、聰明的狼和忠誠的狗。每一位動物都分享了自己與“暗影之獸”的故事，讓他們的信念不斷增強。
然而，隨著調查的深入，他們也遇到了挑戰。為了找到和諧石，他們必須穿越一個被認為是“暗影之獸”棲息地的森林。森林里陰暗潮濕，空氣中彌漫著緊張的氣氛。就在這時，他們突然被一只巨大的影子籠罩。朱迪和尼克面面相覷，心中充滿恐懼。但朱迪提醒自己不能退縮，要相信即使是黑暗也有光明的力量。
憑借兩人的相互支持，他們決定面對這個棘手的對手。經過一番追逐和智斗，原來“暗影之獸”不過是受傷的一只狼，它由于受到了來自同類的傷害而選擇隱居。朱迪和尼克意識到，森林里的陰霾并不是它的本意，反而是一種求助的表現。
在幫助狼治療傷口后，朱迪和尼克與它進行了一場真誠的對話，了解到了狼因誤解而與其他動物間的隔閡。尼克激勵狼重新找到與族群的聯系，朱迪則利用自己作為警察的身份，成功調解了狼與其他動物的關系。感受到和諧的氣息，狼也愿意協助他們尋找和諧石。
最終，在狼的帶領下，他們抵達了一處神秘的洞穴，洞穴中散發著奇異的光芒，正中央擺放著傳說中的和諧石。朱迪與尼克欣喜不已，但他們明白，這并不是終點，而是一個新的開始。他們將和諧石帶回動物城市，舉辦了一場盛大的儀式，邀請所有動物共同參與。
在儀式上，朱迪發表了激動的演講，強調團結與和諧的重要性。她分享了與狼的故事，以及在過程中收獲的友情和信任。動物們被深深感動，紛紛表示愿意拋開成見，共同創造更加美好的未來。而尼克則以他特有的幽默感活躍氣氛，使在場的動物忍俊不禁。
隨著和諧石的安放，動物城市的空氣中煥發出勃勃生機，昔日的隔閡逐漸消散。“暗影之獸”的傳說也在動物們的團結中變得不再可怕，反而成為了和諧與團結的象征。朱迪與尼克在這個過程中收獲了更多的信任與情誼，他們明白，作為朋友、同事和伙伴，彼此的陪伴是無可替代的。
故事的最后，朱迪與尼克坐在高處，看著重新煥發生機的動物城市，感慨萬千。朱迪說：“或許，所有的黑暗都是一種提醒，讓我們更加珍視光明。”尼克點頭贊同，兩人相視一笑，知道未來的路，雖然充滿未知，但只要心中有愛，有團結，他們就一定能迎接每一個挑戰，譜寫更多的故事。