在一個陽光明媚的早晨，瑪麗·倫諾克斯被陽光的溫暖喚醒。她慢慢睜開眼睛，意識到自己已經離開了那個陰暗、孤獨的印度，來到了她叔叔的莊園——沉默而神秘的米斯爾斯托克。這里的一切都顯得格外陌生而又迷人，古老的墻壁上爬滿了藤蔓，氣息中彌漫著泥土和植物香氣。
這個莊園被高高的墻圍繞著，給人一種幽閉的感覺，似乎外面的世界永遠無法侵入。然而，瑪麗的心中充滿了對這個未知世界的好奇。她知道，在那面墻的另一側，可能隱藏著不為人知的秘密。
在莊園里，瑪麗遇到了一個名叫迪肯的小男孩。他身材瘦小，臉上總是掛著天真的微笑，仿佛和這個閉塞暮氣的地方顯得格格不入。迪肯告訴瑪麗，莊園里有一個被遺忘的花園，許多年前被鎖住了，沒人再進去過。瑪麗的心中燃起一股探索的熱情，她決心要找到那個花園。
經過一番細致的探尋，瑪麗終于發現了那個花園的大門。雖然門上布滿了銹跡和藤蔓，但她心中的渴望讓她毫不猶豫地推開了門。眼前的一切讓她大吃一驚，昔日的花園如夢似幻，雖然雜草叢生，卻依然能感受到那悠揚的生命氣息。各色花朵繽紛開放，它們像是在訴說著悠久的故事，吸引著瑪麗的目光。
瑪麗開始在這個秘密花園中揮灑自己的熱情，她用心照料這些花草，澆水、松土，漸漸地，她發現，隨著花園的復蘇，她的內心也隨之煥發出新的生機。她不再是那個孤獨無依、冷漠無情的小女孩，而是一個熱愛生命、渴望友誼的人。在照顧花園的日子里，瑪麗和迪肯的友誼愈加深厚。迪肯不僅是她的朋友，還是她探索這個花園的第一批同伴。
隨著時間的推移，瑪麗的生活發生了巨大的變化。在花園中，她遇見了一個名叫科林的男孩，他是瑪麗叔叔的兒子，因為長期的疾病而生活在家中，幾乎從未走出過房門。瑪麗的出現讓科林感受到了渴望生命的力量。她告訴他花園的故事，鼓勵他與自己一起走出陰影，探索這個被遺忘的世界。
在瑪麗的細心照料下，科林的身體逐漸恢復。他開始在花園中跑動，與瑪麗和迪肯一起分享快樂的時光。三個人的友誼在陽光下綻放，他們一起歡笑、一起沉思，仿佛整個世界都變得明亮而美好。科林也從自卑的陰影中走出，學會了接受自己的缺陷，勇敢面對生活。
隨著季節的更替，秘密花園的復蘇使瑪麗和她的朋友們收獲了不同尋常的魔力。這個花園不僅僅是植物的棲息之地，更是他們心靈的寄托。在這里，他們用愛和包容治愈了彼此的傷痛，找到了生命的意義。
然而，正當瑪麗、迪肯和科林沉浸在這份幸福中時，莊園的寧靜被打破了。科林的父母擔心孩子的健康，準備將他送往遠方的療養院。瑪麗和迪肯決心保住他們的友誼。為了阻止科林離開，他們一起策劃了一場小小的行動：在花園中舉行一個盛大的聚會，邀請親友們見證這一切的美好。
聚會的那天，米斯爾斯托克莊園的空氣中彌漫著鮮花的香氣，笑聲不斷。瑪麗、迪肯和科林用心裝扮著這個秘密花園，展示出他們的努力與成果。親友們的到來，讓莊園煥發出新的生機。科林的父母看到兒子在花園中的變化，心中充滿了喜悅和感動，決定不再送走他。
時光流逝，秘密花園見證了三個孩子的成長與蛻變。瑪麗學會了關心他人，懂得了友情的珍貴；科林從一位病弱的男孩變成了一個勇敢、自信的少年；迪肯則在朋友的陪伴下，感受到生活的美好。
最終，秘密花園成為了他們心靈的庇護所，象征著希望與重生。瑪麗、迪肯和科林用自己的經歷證明了，愛可以打破墻壁，連接彼此的心靈。這個花園不再是一個隱藏的角落，而是他們共同的夢想與未來。
從那以后，瑪麗與她的朋友們繼續在花園中度過無數美好的時光，彼此依靠，共同成長。在繁花似錦的秘密花園中，他們的故事與生命交織成了一幅美麗的畫卷，永不停息。