《吾家卿卿多嫵媚》講述了一段古代江湖中的傳奇愛情故事，女主角卿卿是一個聰慧而倔強的女子，因緣故不得不隱藏自己的真實身份，默默守護著自己的心上人——英俊瀟灑的少年俠客林風。
故事開始于一個煙雨朦朧的清晨，卿卿在臨河的小鎮上為父親的藥鋪忙碌著。她細心而溫柔，盡管生活平淡，卻時常能用一抹微笑驅散人們心頭的陰霾。卿卿的父親是一位名醫，因治愈了一個權貴之子的重病而得罪了這個權貴，后者惱羞成怒，派人追殺卿卿父女。為了保護父親，卿卿決心藏起自己的身份，以免被追殺者發現。
就在此時，林風意外闖入了她的生活。林風出身豪門，卻因一次誓言與家族決裂，化身為江湖俠客，四處行俠仗義。他的到來如同一陣春風，悄然改變了卿卿的生活。兩人在一次偶然的相遇中，卿卿被林風的機智和勇敢吸引，內心涌起一股難以言喻的情感。
隨著時間的推移，卿卿與林風的交往愈發密切。卿卿在林風面前展露出溫柔和俏皮的一面，而林風則在卿卿的陪伴下找到了久違的溫暖與歸屬。然而，卿卿心中始終有一絲不安，因為她沒有勇氣告訴林風她真正的身份。一方面，她是江湖中一位傳奇醫師的女兒，另一方面，她在江湖上也暗中調查著父親被追殺的真相。
漸漸地，林風也察覺到卿卿身上的秘密。他的直覺告訴他，這位女子并非普通的藥鋪女兒。然而，林風雖然疑惑，卻沒有去深究，因為他已深深迷戀上了卿卿。就在兩人感情日益升溫之際，追殺的陰影卻悄然逼近。
一天，卿卿接到了一封信，信中提到她父親的絕癥藥方被權貴暗中吞并，導致無數病人因此喪命。她的心如刀割，恨不得立刻沖出去為父親報仇。林風見狀，心中愈發堅定，決定與卿卿攜手共闖，一同揭開真相。不料，同行的路一路荊棘，接連的挑戰和險境讓兩人的感情經歷了諸多考驗。
在一次解密行動中，卿卿與林風被權貴的手下圍困，生死關頭，兩人并肩作戰，展現出超凡的默契。經過一番驚心動魄的斗智斗勇，終于揭露了權貴的陰謀，救回了不少無辜的患者。與此同時，卿卿的真實身份也漸漸浮出水面，權貴為此更加憤怒，威脅他們的生死。
面對邪惡勢力的追殺，卿卿與林風決定尋求江湖中志同道合的朋友，以圖共同抵抗。在這個過程中，卿卿發現了自己身邊有許多志士仁人，他們為正義而戰，甚至愿意為卿卿和林風的愛情奉獻出生命的力量。
隨著斗爭的深入，卿卿與林風打破了家族的束縛，超越了世俗的界限。他們的愛情在拼搏與犧牲中不斷升華。卿卿也從一個溫婉的藥師逐漸成長為一個有勇有謀的女子，不再僅僅是林風的愛人，更是他的戰友和助手。兩人攜手并肩，向著正義的光輝前行。
最終，在一場激烈的決斗中，卿卿與林風聯手，將權貴的陰謀完全揭示于世，討回了公道。殘酷的斗爭并未使他們分開，反而讓他們的感情更加堅定。經過重重考驗，卿卿終于向林風坦白了自己的身份，她用行動證明了自己的決心與愛。
故事最后，卿卿與林風在江湖中攜手旅行，在大山大川中尋求更高的目標和理想。他們不再是追尋權勢和地位的情人，而是為了理想、為了拯救更多無辜而奮斗的伙伴。愛情在面臨考驗之后變得愈發珍貴，卿卿用她的智慧和堅韌讓林風看到了另一個世界的可能性。
無論風雨如何變幻，卿卿與林風信任彼此、扶持彼此，一同迎接未來的每一個朝陽。